Zespół trzech barokowych organów z lat 1680-1693, na którym może grać jednocześnie trzech organistów; latem słychać je podczas festiwalu muzyki organowej.
Organy ufundowali Potoccy. Budowę zaczął w 1680 roku Stanisław Studziński z Przeworska, a w latach 1686-1693 dokończył ją Jan Głowiński z Krakowa. Bogatą dekorację snycerską prospektu, z postaciami świętych, aniołów i atlantów, według tradycji wykonali sami bracia zakonni. Na początku XX wieku instrument przebudowano w duchu romantycznym, w latach 1965-1968 Robert Polcyn przywrócił mu barokowe brzmienie, a w latach 2000-2003 przeszedł renowację.
Główne organy w nawie środkowej mają 40 głosów i mechaniczną trakturę, organy w nawach bocznych 21 i 13 głosów; razem to blisko 6000 piszczałek. Największa ma ponad 10 metrów, a prospekt główny wznosi się na 15 metrów i wypełnia zachodnią ścianę aż po sklepienie. Trzy instrumenty tworzą jedną całość, na której mogą jednocześnie grać trzej organiści.
Organy mają efekty dźwiękowe: kukułkę, bęben, ptaszki i horribile, czyli piszczałki na filarach naśladujące dudnienie bębnów. Orzeł na szczycie prospektu potrafi się pochylić, jakby kłaniał się w stronę ołtarza. Od lat 90. XX wieku latem w bazylice odbywa się Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej i Kameralnej.
Zdjęcia: fot. Ferdziu, CC BY-SA 3.0 pl; fot. Janusz Pruchnik, CC BY-SA 4.0; fot. Tom a, CC BY-SA 4.0; fot. Panek, CC BY-SA 4.0.
